A manipulação farmacêutica permite combinar diferentes substâncias em uma única formulação, tornando possível, por exemplo, produzir medicamentos e cosméticos que não são produzidos pela Indústria Farmacêutica, ou retirar de sua composição elementos como conservantes, corantes, aromatizantes e essências contraindicados para um tipo específico de paciente.

No laboratório da farmácia de manipulação ocorre o processo de seleção, associação, controle de qualidade e elaboração de substâncias farmacêuticas para a dispensação de um produto terapêutico sob a forma de cápsulas, comprimidos, cremes, drágeas, elixires, pastas, pastilhas, pós, supositórios, óvulos, xaropes, gotas, glóbulos etc. Fazem parte deste processo os insumos farmacêuticos derivados dos vegetais ou de natureza química.